Stokes Hill doit son nom au commandant du HMS Beagle John Lort Stokes, qui a visité et nommé Darwin d’après son ami Charles Darwin en 1839.
Les Larrakia ont été les premiers à vivre dans cette région et savaient que Stokes Hill abritait un ancêtre spirituel Larrakia. Cet ancêtre est connu sous le nom de « Chinute Chinute » et se manifeste de temps en temps sous la forme d’un podarge gris.